A deportálások leállítása
1944 júniusának elejétől egyre nyilvánvalóbbá váltak a magyar zsidók tragédiájának méretei. A gettókban uralkodó állapotokról, a csendőrség brutalitásáról és a deportálások részleteiről mind több információ jutott el Horthyhoz. A kormányzó Sztójayhoz intézett levelében elhárított magától minden felelősséget a zsidóellenes lépésekért, Jungerth-Arnóthy Mihály külügyminiszter-helyettes pedig a minisztertanácsi üléseken ismertette a deportálások egyre negatívabb belföldi és külföldi visszhangját. Június második felében Horthyra igen nagy külső és belső nyomás nehezedett. A keresztény egyházak a megkeresztelkedett zsidók érdekében próbáltak közbenjárni. Közvetlen környezete (fia, illetve bizalmasa, Bethlen István) éppúgy próbálta rávenni, hogy szakítson az addigi zsidópolitikával, mint a külföld. Június 25-én XII. Pius pápa, 26-án Franklin Delano Roosevelt amerikai elnök, 30-án pedig V. Gusztáv svéd király küldött tiltakozó levelet Horthynak. Az Auschwitz-jegyzőkönyv nyilvánosságra került részei bejárták a nemzetközi sajtót, és eljutottak a magyar egyházi és politikai vezetőkhöz is. Mindenki tudta, mi történik a magyar zsidókkal. Horthyt erősen befolyásolta a hadi helyzet romlása: a szövetségesek június 6-án a német fogadkozások ellenére sikeresen partra szálltak Normandiában, majd előrenyomultak Franciaországban. Eközben a Vörös Hadsereg már Lengyelországban és a magyar határ előterében járt, az amerikai flotta vereséget mért a japán erőkre a Mariana-szigeteknél.
A minisztertanács június 21-i ülésén Endre és Baky államtitkárok szinte idilli képet festettek az akciókról. A lakosság üdvözölte a zsidók gettósítását, eltávolításukkal megszűnt a feketepiac, a gettók és gyűjtőtáborok ellátása jó, a hatóságok szigorúan, de a keresztény könyörületesség szellemében jártak el. A cinikus hazudozást senki sem vette komolyan. Horthy végül június 26-ra koronatanácsot hívott össze. (Ez annyiban különbözött a minisztertanácstól, hogy a kormányzó is jelen volt.) Itt javasolta Endre és Baky eltávolítását és a deportálások beszüntetését. A kormány jegyzéket fogadott el, melyben elvi engedélyt adtak bizonyos korlátozott zsidó kivándorlásra Svédországba és Palesztinába. Mindennek ellenére a deportálások tovább folytak, Baky és Endre kezéből valójában nem vették ki a zsidóügyek intézését. A németek támogatását élvező Sztójay és Jaross Andor belügyminiszter sikerrel szabotálta Horthy szándékait. Sőt Bakyék azt tervezték, hogy július elején több ezer csendőrt a fővárosba vezényelnek, és akár a kormányzó akarata ellenére is deportálják a budapesti zsidóságot. A csendőrök budapesti feltűnése pánikot okozott a zsidók között, és azonnali cselekvésre késztette az amúgy igen határozatlan Horthyt. Attól félt, hogy a csendőrség részvételével puccsot terveznek ellene. A hozzá hű fővárosi és a vidékről Budapestre rendelt páncélos alakulatokra támaszkodva azonnali távozásra szólította fel a csendőrséget. A kakastollasok elhagyták Budapestet. Július 6-án a kormányzó végre bejelentette, amit már június végén elhatározott: leállítja a deportálásokat. A belügyi vezetésre jellemző, hogy az egyértelmű tiltás ellenére a Budapest körüli községekből még július 8-án és 9-én is deportáltak. A deportálások záróaktusa, a többnaposra tervezett budapesti akció azonban elmaradt. A több mint 200 ezer budapesti zsidó - legalábbis egyelőre - megmenekült.