A vidéki zsidók deportálása
Az új magyar belügyi vezetés és az Eichmann-kommando kezdetektől a magyar zsidóság teljes deportálására törekedett. Ennek érdekében Veesenmayer már április elejétől újra és újra követelte Sztójaytól, hogy a magyarok sürgősen bocsássanak 100 ezer zsidót a németországi hadiipar rendelkezésére. A kormány beleegyezett. A gettósítás megkezdése után a német követ a Wehrmacht kérésére hivatkozva azt kezdte követelni, hogy a frontvonalhoz közeli északi és keleti megyékben gettósított csaknem 290 ezer zsidót biztonsági okokból szállítsák el a hadműveleti területté nyilvánított térségből. Sztójay az ügyet Jaross belügyminiszterhez továbbította, aki a zsidóügyekben illetékes Endréhez fordult. Endre válaszul közölte, hogy ekkora tömeg hosszú távú élelmezésére és elhelyezésére az ország nem képes, és javasolta, hogy fogadják el az Eichmann által már tolmácsolt ajánlatot: a németek hajlandók átvenni minden magyar zsidót. A konspirációt segítették a vidéki közigazgatás jelentései a ettókban és táborokban uralkodó katasztrofális állapotokról. Baky hasonló álláspontot képviselt. Jaross erről informálta Sztójayt, és bár hivatalos döntés vagy rendelet nem született, Endre és Eichmann hozzálátott az előkészületekhez. A deportálások kezdetét május 15-re tűzték ki.
A magyar és a német illetékesek eldöntötték, hogy az akciót gyorsan, de fokozatosan hajtják végre az egyes csendőrkerületekben a következő sorrendben: 1. Kassa (VIII. csendőrkerület), 2. Kolozsvár (IX. csk.), Marosvásárhely (X. csk.), 3. Székesfehérvár (II. csk.), Miskolc (VII. csk.), 4. Szeged (V. csk.), Debrecen (VI. csk.), 5. Szombathely (III. csk.), Pécs (IV. csk.) és végül 6. Budapest (I. csk.) A kijelölt zónába megérkezett Endre és/vagy Baky, az Eichmann-kommandó egy képviselője, valamint a magyar és német hatóságok közötti kapcsolattartásért és az akció helyi irányításáért felelős Ferenczy László csendőralezredes. Miután a helyi közigazgatás vezetőit tájékoztatták a teendőkről, megjelent a csendőrség, és a helyi rendőrséggel együtt megkezdte a gettók felszámolását, a zsidók gyűjtőtáborba zsúfolását. A gyűjtőtáborokat általában téglagyárakban, ipari vagy mezőgazdasági épületegyüttesekben, hatalmas raktárakban és pajtákban rendezték be. Amikor a művelet befejeződött, megérkeztek a vonatok és elszállították az összegyűjtött zsidókat. Ekkor a teljes csendőri apparátus áttelepült a következő zónába, és minden megismétlődött.
A részleteket Endre dolgozta ki: a vonatok átlagosan 45 vagonból állnak, egy vagonba 70 zsidót kell bezsúfolni, minden vagonba egy vödör víz és egy üres vödör kerül a testi szükségletek elvégzésére. Az útra fejenként kétnapi, azaz 80 dkg kenyeret kell biztosítani, a vagonok ajtaját lánccal kell lezárni. Az élelmet, a vödröket és a láncokat a helyi polgármesteri hivatalnak kellett beszereznie. (Ez általában a feladatot a helyi Zsidó Tanácsra hárította.) A parancs értelmében a deportálás a zsidótörvények hatálya alól mentesítetteken kívül mindenkire vonatkozott. Így a munkaképesek mellett a kórházakban, börtönökben, elmegyógyintézetekben lévő valamennyi zsidónak nemtől és kortól függetlenül menni kellett.
A tömeges deportálás május 15-én kezdődött. A gettókhoz és téglagyárakhoz legközelebb eső vasútállomásokra megérkeztek az üres vagonok. A zsidókat legtöbbször még a gettóban testi motozásnak vetették alá. Kirendelt védőnők (távollétükben csendőrök) még a nők hüvelyét is átvizsgálták elrejtett értékeket keresve. Csomagjaikat is átkutatták. Ezt követően a lezárt utakon, szigorú csendőri kísérettel elindult a menet az állomás felé. Útközben sok zsidót brutálisan összevertek. Az útkereszteződésekben rendőrök vigyáztak, az utcák kiürültek, a nem zsidó lakosság általában lehúzott redőnyök mögül figyelt. A pályaudvaron megkezdődött a bevagonírozás. Egy legfeljebb 40 fő elhelyezésére alkalmas vagonba 60-80-100 embert zsúfoltak be a maradék csomagokkal együtt. Néha a bevagonírozás előtt egy utolsó motozásra is sor került, majd a zsidóknak néha alsóruhában kellett beszállniuk. A csendőrök a legkisebb ellenállás esetén azonnal lőttek. Itt is gyakori volt a verés és a gúnyolódás. Bár Eichmann és Ferenczy többször tiltakozott, a honvédség még a gettókba is kézbesített munkaszolgálatos behívókat, a munkaszolgálatosokat pedig az érvényben lévő rendelkezések szerint nem volt szabad elszállítani. Ennek ellenére kimenőn lévő munkaszolgálatosokat gyakran visszatartottak, a behívókat nem kézbesítették, sőt a felsőbb szervek sugallatának megfelelően sokszor a mentesítetteket is deportálták.
Nagyváradon a németek filmre vették, ahogy a csendőrök a bevagonírozásnál verik a zsidókat. A filmet később a semleges országok német követségein vetítették le azt igazolva, hogy a kegyetlenkedésért a magyar hatóságok felelősek. Eichmann emberei mindenhol jelen voltak, de nem kellett közbeavatkozniuk. A deportálás még holokauszt történetében is példátlanul gyorsan haladt. Május 15. és június 7. között, 24 nap alatt 289 ezer magyar zsidót deportáltak Kárpátaljáról és Erdélyből. Június közepére ez a szám elérte a 340 ezret, a hónap végére pedig meghaladta a 400 ezret. 56 nap alatt a cinkos magyar hatóságok segítségével a németek minden korábbi eredményüket túlszárnyalták: július 9-ig 147 vonattal, német adatok szerint összesen 437.402 zsidót deportáltak. Magyarországról Budapest és a munkaszolgálatos alakulatok kivételével teljesen eltűntek a zsidók. A vonatok néhány kivétellel mind egy irányba indultak: Auschwitz-Birkenauba.